Ученые из Санкт-Петербургского государственного университета (СПбГУ) разработали метод расшифровки генома коронавируса.
Как сообщили АБН в пресс-службе вуза, новая разработка Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ получила название coronaSPAdes. Она позволяет собирать геномы РНК-вирусов, и в первую очередь коронавирусов. По предварительным данным, с ее помощью уже удалось восстановить последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов.
Модуль coronaSPAdes — это специальный режим сборщика SPAdes (Saint Petersburg Assembler), который является флагманским продуктом лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ. С помощью SPAdes ученые из разных стран анализируют патогены, вызвавшие вспышку Ближневосточного респираторного синдрома (MERS) в Саудовской Аравии, Эболы в Конго, гонореи в Англии, менингита в Гане, лихорадки денге на Суматре и десятки других вспышек.
Сборщик SPAdes, а также ряд режимов его работы позволяют производить расшифровку геномов живых организмов, включая вирусы. Как уточнили в СПбГУ, биологи до сих пор не умеют читать геномы от начала и до конца. Вместо этого они «прочитывают» небольшие фрагменты, которые потом собирают в полный текст.
Сборка генома похожа на сборку пазла из миллиона частей. Эта задача относится к одной из самых сложных алгоритмических проблем в биоинформатике, и, чтобы ее решить, необходимо использовать специальные инструменты — геномные сборщики.
Незадолго до этого АБН сообщало, что ученые выявили новый штамм коронавируса, благодаря которому инфекция стала еще заразнее.
