По версии следствия, Ефимов, занимая должность ректора, дал указание проректору подписать гоcконтракт на проведение научно-исследовательских работ с автономной некоммерческой организацией «Северо-Западное агентство развития и привлечения инвестиций» на сумму 36 млн рублей. Вверенные ему средства экс-ректор потратил по своему усмотрению.
Заведено уголовное дело по статье «Присвоение или растрата, совершенные организованной группой либо в особо крупном размере». Ефимов свою вину признал.